حسب المادة 24 من الظهير الشريف المؤسس لمؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة فإن الأمين العام يعين بظهير شريف باقتراح من الرئيس المنتدب. ويساعد الأمين العام الرئيس المنتدب في القيام بمهامه، ويتولى، تحت سلطته، مهمة تدبير الشؤون الإدارية للمؤسسة ومهمة كتابة المجلس الأعلى.